Quarto로 논문쓰기

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# 1. 형식보다 내용이 중요한 세상이 되었다. 

 

최근에 아래 유투브 영상을 보면서 quarto journal acticle 이란 것을 접하게 되었다. 그리고 직접 해보면서 내린 결론은 이제 형식은 quarto에게 맡기고 내용에 집중할 수 있는 시대가 되었다는 것이다. 

 

https://www.youtube.com/watch?feature=shared&v=EbAAmrB0luA

 

 

#2. Quarto가 점점 발전하여 논문 쓰는 툴이 되다. 

 

논문을 쓰다 보면 가장 신경 쓰는 것이 각 저널에 맡게 형식을 맞추어 써야 하는 것이다. 특히 이공계 저널은 그림, 표, 수식 등이 많은데 이에 대한 표시 방법이 각 저널에 따라 달라 먼저 저널에서 알려준 template 파일을 받아서 수정해 가면서 써야 한다. 그리고 또 하나 중요한 것은 참고문헌이다. 이것 또한 저널에 따라 저자, 논문 제목, 저널이름, volumn No. page 번호까지 그 형식이 다르다. 그런데 Quarto에서 이러한 것들을 한 번에 해결할 수 있는 솔루션을 만들었다. 

 

https://quarto.org/docs/journals/

Quarto - Journal Articles

 

그럼 이걸 이용해서 간단하게 논문 쓰는 걸 따라해 본 걸 기술해 보겠다. 

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#3. 따라해 보기 

 

1. Quarto CLI 신규 버전 다운로드 및 설치

https://quarto.org/docs/get-started/

Quarto - Get Started

 

2. 터미널에 원하는 저널 형식 설치하기

  1) 이미 저널에 있을 경우엔 아래 명령어 

 

 

 2) 내가 원하는 저널의 템플릿을 찾자. 

  https://quarto.org/docs/extensions/listing-journals.html

Quarto - Quarto Extensions

    물리학 저널 IOP는 위 테이블에 없어 아래와 같이 설치하였다.  

     quarto install extension sebdunnett/quarto-iop

 

설치 완료 후 사용 명령어를 다시 한번 입력

quarto use template sebdunnett/quarto-iop

 

IOP 저널 사이트에서 논문 쓰는 가이

IOPWordGuidelines.pdf

0.20MB

 

   내용은 아래 사이트 참고

https://github.com/sebdunnett/quarto-iop?tab=readme-ov-file#readme

GitHub - sebdunnett/quarto-iop: Quarto template for IOP journals

 

 

3) 그리고 나면 프로젝트 파일이 만들어진다. 

프로젝트 파일을 열고 qmd 파일을 다시 열어본다. 그럼 이미 여러가지 내용이 예시로 채워져 있는 상태로 작성되어 있다. 

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title: So you want to publish in IOP? Here's a template for you.
short-title: IOP Template Format
titlepage: true
author:
- name: John Smith
  affiliations:
  - id: eri
    number: 1
    name: Ecological Research Institute
    department: Department of Biodiversity Conservation
    address: 123 Willow Road
    city: Anytown
    country: UK
    postal-code: NW 123
  orcid: 0000-0000-0000-0000
  email: johnsmith@fakeemail.com
- name: Jane Doe
  affiliations:
  - ref: eri
  - id: ues
    number: 2
    name: University of Environmental Science
    department: Department of Ecosystem Management
    address: 456 Birch Lane
    city: Anycity
    country: UK
    postal-code: NR 543
  orcid: 0000-0000-0000-0000
  email: janedoe@fakeemail.com
- name: Michael Johnson
  affiliations:
  - id: iccs
    number: 3
    name: Institute of Climate Change and Sustainability
    department: Department of Renewable Energy and Carbon Sequestration
    address: 789 Oak Street
    city: Anybury
    country: UK
    postal-code: BT 987
  orcid: 0000-0000-0000-0000
  email: michaeljohnson@fakeemail.com
  corresponding: true
display-orcids: true
abstract: |
  The ecological emergency refers to the current state of the global environment, characterized by unprecedented declines in biodiversity, rapid loss of natural habitats, and increasing frequency of extreme weather events. The root cause of the ecological emergency is human activity, specifically the overconsumption of resources and the release of greenhouse gases. The situation is dire, with scientists warning that up to one million species are at risk of extinction due to human activities. The ecological emergency also poses a threat to human well-being as it disrupts the provision of vital ecosystem services such as air and water purification, pollination, and climate regulation. The time to act is now, as the window of opportunity to prevent the worst outcomes of the ecological emergency is rapidly closing. It is crucial that immediate and ambitious actions are taken at the global, national, and local levels to reduce greenhouse gas emissions, protect biodiversity, and restore natural habitats. This requires a transformation of our economic and societal systems towards sustainability.
keywords:
  - extinction
  - deforestation
  - species
  - breakdown
  - survival
submitted-to: \ERL
twocol: false # does not deal well with code outputs
format:
  iop-pdf:
    keep-tex: true
    cite-method: natbib # comment out for Harvard author year
  iop-html: default
iop-vancouver: true # comment out for Harvard author year
bibliography: bibliography.bib
reference-section-title: References
classoption: [12pt] #options separated by a comma
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4. 일단 예시 파일을 실행(Render)하니, 라텍스 파일 설치가 안 되어 있다고 에러가 남

 

miktex 파일 다운로드 후 설치

https://miktex.org/download

Getting MiKTeX

 

 

 

참고로 ggplot에 라텍스 수식 넣는 방법은 아래 사이트 참고

https://kuduz.tistory.com/1244

R 그래프에 LaTeX 수식 넣기(feat. latex2exp)

 

https://www.ctan.org/pkg/fancyvrb

CTAN: Package fancyvrb

 

5. 다시 실행 (Render)

 

  논문이 만들어졌다. 

IOP_PAPER.pdf

0.19MB

 

 

 

 

참고로 ggplot 등에 latex 문법으로 수식을 넣는 방법도 찾아 보았다. 

https://kuduz.tistory.com/1244

R 그래프에 LaTeX 수식 넣기(feat. latex2exp)

https://github.com/stefano-meschiari/latex2exp

GitHub - stefano-meschiari/latex2exp: Use LaTeX in R graphics.